系统管理成本是指为了正常应用电子商务系统，需要建立相关的管理机构，制订管理制度，对运行系统进行各方面的计划、协调、控制，对交易活动进行监督和管理所需要的成本。在电子商务系统运营中，有效的管理对中小企业来说尤其重要。不少中小企业投入巨额资金，好不容易建立起电子商务的应用环境，却由于管理不善而将设备闲置、系统丢荒，电子商务成了一种摆设，流于形式，且这种浪费对于经济实力有限的中小企业而言更是雪上加霜。
　　此外，为了电子商务系统的正常运行，在投入运行后必须配备相关人员、对人员进行必要的教育培训以及支付人员的工资等等，所花的费用约占整个经营管理成本的25%以上。
　　
　　4. 物流配送成本
　　物流配送是电子商务最后的环节，也是个重要的环节。它需要有商品的存放网点，需要增加运输、配送人员的开支，由此而增加的成本是不可忽视的。例如，为促进食糖流通，GSEC在广西、云南、广东三大食糖的主产区建立了10多个物流配送点，为交易商办理货物匹配、货物质押等相关业务，提供食糖的代购、代销和代办运输服务，这需要投入一大笔资金。
　5. 安全及风险成本
　　由于互联网的开放性，企业在网络环境下开展商务活动不得不考虑安全问题，例如交易的公正性和安全性、交易方身份的真实性、传递信息的准确性和完整性以及交易的不可抵赖性等等。为了安全地实施电子商务，必然要采取一系列的安全技术措施，例如安全标准的制定、安全产品的研制以及安全技术的开发等等。而这些用于交易安全的协议、规章、软件、硬件、技术的使用及其学习和操作定会加大电子商务运营的成本。
　　风险成本是企业开展电子商务时不可避免的隐形成本。例如由于病毒的入侵、黑客的袭击、人才的流失、软硬件的更新换代等不好确定、不易把握的因素构成的成本。由于中小企业的实力较薄弱，因此风险就更大，在这方面所承受的压力也相对更大。
　　
　　6.其他成本和费用
　　此外，在实施电子商务过程中还会发生其他一些成本和费用，例如注册费用、入网费用以及与应用技术有关的人员费用等等。还有些间接发生的成本，如操作技术不配套而发生的成本、对信息处理不当而间接产生的成本以及对新设备和新技术不适当的引进造成的浪费成本等等。
　　随着计算机和网络技术的不断发展，电子商务的各种成本结构及比重也在发生变化，例如硬件成本会随着电子技术和计算机硬件技术的发展而逐渐降低，而软件成本却随着网络环境下商务活动的功能需求变化而不断增加；隐形成本也因信息安全、技术保护、知识产权保护、经营风险等问题日益凸现而不断增加。中小企业由于信息化的成本较高，在构建系统和运营管理等环节往往存在资金和技术方面的困难，有些企业因此失去信心而放弃电子商务的应用。因此，中小企业应根据自己的实际情况，对电子商务系统的每一项成本支出进行认真分析，了解哪些成本是可以控制的，哪些成本是可以降低的，哪些成本是可以避免发生的，尽量减少支出，只有这样才能更好地提高企业的效益。
　　
　　三、中小企业电子商务效益分析
　　
　　电子商务对经济的影响远远超出了其本身活动的价值。虽然中小企业开展电子商务需要花费不小的成本，但电子商务给中小企业提供了与大企业公平竞争的平台，提供了大量的市场机会，也由此为中小企业带来了直接、间接和潜在的效益。
　　
　　1. 直接效益
　　所谓直接效益，主要是指具体的生产经营和管理效益，如生产效率的提高或成本的降低等等。电子商务给中小企业带来的直接效益主要表现在以下方面。
　　（1）建立企业网站，利用网络宣传树立企业形象、发布广告、传递产品信息；利用网络，进行网上市场调研、信息交换和网络营销等等；利用互联网可以增加企业的销售机会和消费者的购买机会。
　　（2）利用网络加强与上下游厂商的联系，改变采购与销售的互动模式，改善供应链管理，从而降低了供应链耗费的运营成本；通过网络看样品、谈价格、签合同、付价款，降低交易成本，提高营销效率；依靠网络与客户进行双向互动的沟通，提高客户的忠诚度与购买力。
　　（3）利用网络和计算机传送文件，大大提高文件的处理速度，降低文件处理的成本。据研究分析，应用网络传输可以使文件处理成本降低近40%；用电子文件替代大量的纸质文件，使纸张的成本显著降低。
　　（4）工作流程自动化，减少人为控制的机会，降低误差，提高企业整体流程的速度和精确度；计算机自动接受和处理信息，可以减少工作量，减少员工成本15%~20%。
　　（5）利用电子商务采购系统，企业可以加强与供应商之间的合作，将原材料采购与产品制造有机地结合起来，形成一体化信息传递和处理系统，从而降低了采购成本。另外，合理地安排原材料进货和按订单生产，可以减少库存，加快了资金周转。
　　（6）利用网络迅速了解产品的市场反馈和最新的需求，随时改良开发中的产品；利用网络了解竞争对手的新情况，从而适当调整自己的产品；减少中间环节，节省信息成本，为企业及时地获取准确的信息创造了条件。
　　据调查，广西部分中小企业通过开展电子商务改变了企业传统的经营方式，取得了直接的经济效益和社会效益。例如，新桂网于2004年9月推出“南国商城”项目，首期推出的480个“网上商铺”就被抢购一空，当年年底网上商铺的销售额达到了30多万元。小鹏旅游资讯有限公司利用网络环境推出的“旅游行业信息在线管理与营销DIMOS系统”，已覆盖广西全区旅游管理部门及旅行社，实现了全区旅游行业的信息化管理，有效提升了旅游行业的信息化水平，从而使旅游行业的业务量也得到了快速提高。
　　
　　2. 间接效益
　　间接效益是指那些不容易被具体量化的利益，相对来说这些效益并不那么直接和明显。电子商务给中小企业带来的间接效益主要表现在以下几方面。
　　（1）提高企业的管理效率和服务水平，从而提高企业的竞争力。
　　（2）扩大业务范围与规模，从而取得规模经济效益。据统计，这种间接的效益能达到其全部贸易额的3%~5%。
　　（3）加强与客户的沟通，从而扩大市场规模，获取更大的经济效益。据统计，这种间接的效益能使企业的市场份额提高15%左右。
　　（4）提高企业员工综合素质，从而促进企业服务素质和水平的提高。
　　（5）以先进的交易模式和管理模式获得社会和交易商的认同，从而提高社会效益和经济效益。