另外，中介机构(审计机构和评估机构)的不规范运作为上市公司利用不公允关联交易操纵利润大开方便之门。中介机构的作用本来是为治理部门和投资者提供一份真实准确的财务报表，但有些中介机构为了争取到客户，通过无原则地迎合上市公司的要求等不正当竞争行为，与上市公司沆瀣一气，为上市公司利用关联交易操纵利润、粉饰报表出谋划策。
　　(三)制度原因
　　从微观的角度来看，导致不公允关联交易的发生，主要是公司内部人为牟取私利而滥用决策权，从而作出不利于中小投资者及债权人的利益安排，这是导致上市公司不公允关联交易发生的直接原因。但上市公司频繁发生不公允关联交易有其更深刻的制度根源，那就是我国的国有企业股份制改造不彻底，没有建立真正的公司法人治理机制。
　　第一，证券市场功能的错位。证券市场最基本的功能有两个.一是筹资功能.二是促进资源的优化配置.使社会资源向那些经营效益好、有发展前景的优质上市公司集中，功能二应该是最主要的功能。但从我国证券市场发展的实际情况来看，企业治理层的理念似乎存在证券市场功能错位，即过分强调证券市场的筹资功能，而通过证券市场促进企业经营机制转换、优化资源配置所发挥的作用并不是那么明显，这突出表现在我国的国有企业改制上。我国的国有企业经营情况大体上并不是太理想，改制上市为国企提供了一条解困的出路，但大多数国企假如整体上市的话，根本达不到《公司法》及《股票发行与交易治理暂行条例》等有关法律法规对企业发行上市有关财务指标的要求，尽管《公司法》和《股票发行与交易治理暂行条例》规定原有企业改组设立股份有限公司申请公开发行股票，只要求原企业近三年连续盈利，另外，《公司法》规定公司如发行新股，其预期利润率可达同期银行存款利率，这么低的财务指标要求，仍然是很大一部分国有企业难以逾越的门槛。于是，国有企业通过资产剥离等方法，将一部分优质资产拿出来另外组建一个股份有限公司，这就是我国大部分国有企业所进行的“部分上市”、“分拆上市”、“包装上市”，余下的资产则仍然留在原企业，即上市公司的母公司，这样上市公司与母公司之间在人、财、物、产、供、销等方面存在着千丝万缕的关系，改制并不彻底，这为公司上市后与母公司之间的关联交易埋下伏笔，这是目前我国国有控股上市公司中关联交易频繁和关联交易额大的根源。
　政企不分为不公允关联交易提供了肥沃的土壤。在国有企业的股份制改造中，一些行业主管部门改换门庭，成为控股股东，比如现在的所谓国有资产经营公司，行业集团控股公司等等，控股股东对上市公司名义上是出资人的身份，实质上对上市公司行使相当的行政干预权，主要体现为在对上市公司决策层的人员控制上，控股股东轻而易举地利用其对上市公司的行政影响来促成不公允关联交易的发生。
　　第二，公司内部法人治理结构不健全。目前，我国上市公司内部法人治理存在的主要问题集中体现在：(1)股权过于集中。上市公司多以国有企业控股为主，并且国有企业控股体现为“一股独大”的绝对控股，流通股和其他社会法人股在上市公司总股本中所占的比例相对较低。(2)内部人控制严重。公司的信息主要集中在少数人手中，内部人操纵公司运作。(3)中小股东、债权人权益得不到合理保护。公司大股东拥有公司的绝对或相对控制权，中小股东的投票权难以与大股东相抗衡，致使中小股东失去监督大股东的有效方式及动力。中小股东的权益难以得到司法程序上的有力支持。在企业破产程序上，债权人的合法权益也难以得到真正保护。不过到目前为止，尽管已出现上市公司资不抵债的情况，但上市公司的破产程序仍未启动。(4)董事会的功能难以发挥。公司董事会结构不尽合理，内部董事所占比例过高，即使是在董事外部化相对较好的公司中，董事会的独立性仍是一个受到广泛质疑的问题。董事会往往被大股东操纵。以上公司内部法人治理结构的缺陷为关联交易的产生提供了有利条件。
　　第三，目前我国对上市公司关联交易信息披露制度的不完善。虽然中国证监会、交易所相关部门规章及1997年财政部颁布的《企业会计准则—关联方关系及其交易披露》对关联交易作了相关的规定，在一定程度上限制了不公允关联交易，但仍给上市公司利用制度本身的缺陷来规避相关规定提供了空间。目前，我国关于上市公司关联交易信息披露的有关规定还不够具体和严格，如缺乏对控股股东行为的制约措施，缺乏对中小股东利益的保护机制，对关联交易的披露，仅限于对关联交易双方、关联交易的内容、数量、价格、金额及该交易对公司的影响，缺少关联交易的定价基础，给不公允关联交易以可乘之机。
　　第四，对违规关联交易的惩处机制不健全。现在上市公司与关联方的关联交易形式和金额呈快速膨胀之势，但监管部门的监管措施和监管力度并未与之成正比增长，监管力度的软弱和法律手段的缺失造成了违规关联交易的低成本，一定程度上助长了违规关联交易的发生。
　　
　　二、关联交易形成的法律层面上的原因
　　
　　目前，我国对于关联交易的规范治理已建立了一套多层次、多角度的法律、法规体系，对于仅有10余年证券发展历史的中国证券市场来说，对关联交易的法律规制应该说取得了不小的成绩，但相对发达国家和地区来说，还有相当的一段路要走。我们有必要指出，监管法律并不仅仅局限于直接针对关联会计处理和披露的法律规范，还包括一个针对关联交易行为的系统防范结构。目前，我国在这一系统防范结构的建设上与发达国家相比存在着法律层面的缺失：
　　(一)监管法律缺位
　　关联方交易作为上市一项重要的经济活动，尽管其属于中性经济范畴，但是综观中外各国证券欺诈案件，可以发现关联交易在其中扮演了重要角色。安然事件震动了华尔街，而关联交易在安然业绩创造中做出了巨大“贡献”。要有效防止关联方利用关联交易操纵公司业绩和侵害中小股东的合法权益，必须制定严格的监管法律。从前面本文对我国关于关联交易法律规制体系的现状分析可以看出，我国目前对上市公司关联交易进行监管的法律规范主要体现为财政部的各项具体会计准则、中国证监会的一系列部门规章及沪深交易所的自律性规范文件，它们均处于较低法律位阶，甚至在对关联交易进行规范的过程中，以行政手段代替法律规范，甚至违反市场规律办事，有矫枉过正之嫌，有的规定又与实际情况相距甚远，无可操作性，难以形成对违规者的巨大威慑力。